Percebe-se que a estrutura era descentralizada, por conta disto a Lei Municipal Nº 6.291/2003 reestruturou a Controladoria Geral do Município, transformando as subcontroladorias em coordenadorias, passando a Subcontroladoria de Coordenação de Órgãos Setoriais a fazer parte da Coordenadoria de Contabilidade, como Setor de Análise e Execução da Despesa; e a Subcontroladoria de Normas e Desenvolvimento de Processos passou a um setor da Coordenadoria de Normas, Planejamento e Informações Gerenciais, extinguindo-se dessa forma duas subcontroladorias, visando com isto modernizar a estrutura, organizar e otimizar os processos pertinentes ao Sistema Controle Interno Integrado .

A atual estrutura preconiza a especialização de funções, agregando às Coordenadorias, setores afins, buscando desta forma a eficiência no emprego de esforços de forma mais estratégica.

Devido à importância dada nos últimos anos ao Controle Interno, a Lei Nº 5.350/98, no capítulo em que trata das Funções Sistêmicas da Administração Municipal instituiu o Sistema de Controle Interno Integrado - SICOI, que tem como órgão central com competência normativa, supervisora e fiscalizadora a Controladoria Geral do Município.

HISTÓRICO
A Controladoria Geral do Município – CGM, órgão de controle interno integrado vinculado à Secretaria Municipal da Fazenda – SEFAZ, foi criada através da Lei Municipal No 5.245 de 05 de fevereiro de 1997, que modificou a estrutura organizacional da Prefeitura Municipal do Salvador e sofreu alterações pela Lei Nº 5.351 de 22 de janeiro de 1998 e pela Lei Nº 6.291 de 12 de junho de 2003. A atual estrutura é regulamentada pelo Decreto nº 14.652, de 17 de novembro de 2003, que traz como missão para CGM coordenar e formular as diretrizes de controle interno do Poder Executivo e exercer os controles contábeis, financeiros, orçamentários, operacionais, patrimoniais e da aplicação das subvenções e renúncias de receitas, bem como, gerar informação para subsidiar as tomadas de decisões relacionadas aos programas de governo. Desde sua criação foram realizadas uma série de ações objetivando a modernização administrativa municipal e adequação da estrutura organizacional que atendesse a uma concepção gerencial do setor público, mais eficiente e efetiva no desempenho de suas competências. Deste modo, a estrutura inicial passou pelas seguintes transformações, conforme quadro abaixo:
Lei Nº 5.245/1997	Lei Nº 5.351/1998	Lei Nº 6.291/2003
Subcontroladoria de Auditoria de Acompanhamento de Programas	Subcontroladoria de Auditoria	Coordenadoria de Auditoria
Subcontroladoria de Contabilidade Orçamentária
Subcontroladoria de Contabilidade Patrimonial	Subcontroladoria de Contabilidade	Coordenadoria de Contabilidade
Subcontroladoria de Contabilidade Financeira	Subcontroladoria de Contabilidade
	Subcontroladoria de Coordenação de Órgãos Setoriais
	Subcontroladoria de Planejamento e Informações Gerenciais	Coordenadoria de Normas, Planejamento e Informações Gernenciais
	Subcontroladoria de Normas de Desenvolvimento de Processos
Percebe-se que a estrutura era descentralizada, por conta disto a Lei Municipal Nº 6.291/2003 reestruturou a Controladoria Geral do Município, transformando as subcontroladorias em coordenadorias, passando a Subcontroladoria de Coordenação de Órgãos Setoriais a fazer parte da Coordenadoria de Contabilidade, como Setor de Análise e Execução da Despesa; e a Subcontroladoria de Normas e Desenvolvimento de Processos passou a um setor da Coordenadoria de Normas, Planejamento e Informações Gerenciais, extinguindo-se dessa forma duas subcontroladorias, visando com isto modernizar a estrutura, organizar e otimizar os processos pertinentes ao Sistema Controle Interno Integrado . A atual estrutura preconiza a especialização de funções, agregando às Coordenadorias, setores afins, buscando desta forma a eficiência no emprego de esforços de forma mais estratégica. Devido à importância dada nos últimos anos ao Controle Interno, a Lei Nº 5.350/98, no capítulo em que trata das Funções Sistêmicas da Administração Municipal instituiu o Sistema de Controle Interno Integrado - SICOI, que tem como órgão central com competência normativa, supervisora e fiscalizadora a Controladoria Geral do Município.